Seniausia Lietuvos kenesa yra Trakuose, Karaimų g. 30. Pirmoji kenesa čia, manoma, kad toje pačioje vietoje, buvo pastatyta XIV a. pabaigoje – XV a. pradžioje. Ji kelis kartus buvo sudegusi ir vėl atstatyta. Vyresniojo dvasininko Felikso Maleckio (1854–1928) pastangomis ir jo surinktomis lėšomis 1894 m. buvo atliktas kenesos kapitalinis remontas, įrengtas ant stogo bokštelis. 1903–1904 m. pastatas buvo remontuotas pagal vilniečio architekto Michailo Prozorovo (1860–1914) projektą. Tarpukariu Trakų kenesa buvo kelis kartus perdažoma, bet jos pavidalas nepasikeitė, ir ji iki šiol atitinka architektūrinį Michailo Prozorovo rekonstrukcijos projektą. Nors sovietmečiu Trakų karaimų kenesa buvo vienintelė oficialiai veikianti karaimų šventovė Europoje, pamaldos jos pastate nuo šeštojo XX a. dešimtmečio nebevyko. Paskutinė jaunavedžių pora kenesoje buvo sutuokta 1956 m. Rengiantis totorių ir karaimų įsikūrimo Lietuvoje 600-ųjų metinių minėjimui 1997 m., kenesa pirmą kartą po Antrojo pasaulinio karo buvo iš pagrindų restauruota, o 2017–2018 m. vėl atnaujinta.