Tiksliai nėra žinoma, kada Jūžintuose pastatyta pirmoji bažnyčia. Manoma, kad seniausia koplyčia Jūžintuose pastatyta 1472 m. vienuolio Jurgio. 1570 m. kitas vienuolis, galimai jėzuitas, ją atnaujino.
1695 m. medinę bažnyčią Jūžintuose pastatė Gediminas Rajeckas ir įkurdino reguliariosios atgailos kanauninkus.
Dabartinę bažnyčią pastatė Mykolas Vaisenhofas 1792–1799 metais. Bažnyčia mūrinė, statyta iš degtų plytų, pailgos formos, turinti baroko ir renesanso bruožų. Stogas yra skardinis. Iš abiejų stogo pusių yra bokšteliai. Priekinis yra mūrinis ir didesnis, o kitas medinis, skarda aptrauktas. Abiejų bokštelių viršuje yra geležiniai kryžiai. Bažnyčia bazilikinio plano, stačiakampė. Bažnyčios fasadas ne plokščias, o plastiškas, durys ir langai antrajame aukšte išgaubti priekin, virš jų – įgaubti langai. Bažnyčios ilgis 43 m, plotis 25 m, aukštis iki bokšto – 35 metrai. Po bažnyčia yra 2 rūsiai. Pirmasis yra pietinėje bažnyčios pusėje, jame palaidoti bažnyčios fundatoriai. Rūsyje yra 22 įdubimai sienoje, 11 iš jų turi įrašus, dar 3 yra tušti. Antrasis rūsys, esantis šiaurinėje pusėje, yra tuščias. Bažnyčioje įrengti 5 altoriai: didysis altorius mūrinis, nutinkuotas, dalinai nubaltintas, papuoštas 8 kolonomis – 4 viršuje ir 4 apačioje. Didžiajame altoriuje yra du paveikslai: viršutinis šv. Mykolo Arkangelo, žemiau švč. Jėzaus Širdies. Kiti 4 bažnyčioje esantys altoriai – mediniai: Šv. Antano, Šv. Jurgio ir Šv. Barboros altoriuose yra po 2 paveikslus, Šv. Marijos altoriuje esantis švč. Mergelės Marijos paveikslas atgabentas iš Tarnavo dvaro rūmų koplyčios. Bažnyčią puošia XIX a. Rokiškio krašto tautodailininko Jono Dagio darbai: švč. Mergelės Marijos ir šv. Antano skulptūros, Betliejaus kompozicija. Bažnyčioje stovi 12 registrų vargonai, puošti angelų skulptūromis. Antrojo pasaulinio karo metais Jūžintų bažnyčia buvo apgadinta, tačiau parapijiečių iniciatyva buvo surinkta 60 000 rublių ir 1958 m. ji suremontuota.
Vakariniame bažnyčios gale įkomponuotas bokštas, viduje yra 75 laipteliai, vedantys į 8 nedideles celes, kuriose gyveno vienuoliai. Šiuo metu celėse eksponuojami įvairūs liturginiai reikmenys, maldynai, kryžiai, skulptūrėlės.
Šventorių juosia akmens mūro tvora, stovi mūrinė varpinė. Deja, bet kada pastaroji pastatyta, tikslių duomenų neturime. Varpinė – kvadratinio plano 4,15 m pločio ir 8,1 m aukščio, baltai tinkuota, su didelėmis puslankio formos arkų angomis ir piramidiniu stogeliu, ant kurio yra kryžius. Iki Pirmojo pasaulinio karo bažnyčia turėjo 2 ar 3 varpus (minimas skirtingas skaičius). Karui prasidėjus, varpai buvo išvežti į Rusiją, todėl buvo skambinama iš Tarnavos dvaro gautu varpeliu. 1938 m. už parapijiečių suaukotas lėšas Vokietijoje nupirktas „Bochrum Verein“ firmos 325 kg plieninis varpas, kainavęs 2185 litus.