Rašytiniuose šaltiniuose Paparčiai pirmą kartą minimi 1387 m. Jogailos ir Skirgailos sutartyje, kurioje Jogaila pasižada Skirgailą laikyti aukštesniu už kitus brolius ir patvirtina jo valdas bei prideda dar naujų. Sutartyje išvardytos 8 gyvenvietės, tarp jų ir Paparčiai. 1501 m. Paparčių bažnyčioje leista laikyti pamaldas. 1563 m. Lietuvos Metrikoje įrašyta, kad Stanislovo Kiškos žmona, Vitebsko vaivadienė Ona Radvilaitė, iš savo dvarų pristato 407 raitelius ir 16 pėstininkų. Tuo metu 1 ginkluotą raitelį duodavo nuo 10 valstiečių dūmų. Iš Paparčių buvo pristatyti 4 ginkluoti raiteliai. Jos vyras Stanislovas jau buvo miręs. Mirus O. Radvilaitei-Kiškienei, jos kraitiniai dvarai, tarp jų ir Paparčiai, paveldėjimo būdu atiteko Kiškų giminei. 1627 m. Mikalojus Kiška Paparčių dvarą išnuomojo Dovydui Bužimovskiui. M. Kiškos iniciatyva šalia dvaro buvo įkurtas Paparčių miestelis, kurį sudarė viena pagrindinė gatvė, ėjusi bažnyčios link. Pirmoje eilėje nuo bažnyčios, iš dešinės, gyveno 18 šeimų, kitoje gatvės pusėje - 14 šeimų. Miestelyje buvo 13 alaus karčemų. Dvaro pastatus sudarė pagrindinis dvaro pastatas, iš abiejų jo pusių stovėjo po gyvenamąjį pastatą. Dvaro kieme stovėjo ūkiniai pastatai - svirnai, bravoras, ekonomės troba, kepykla. Šalia jų buvo sodas ir daržas, už kurių - tvartai, kiaulidė, klojimas ir kiti pastatai. Prie Žiežmaros upelio kranto stovėjo vandens malūnas. Dvaro laukai apsėti 40 statinių rugių. Iš pievų prišienaujama 200 vežimų šieno.
Iš Mikalojaus Kiškos, Mstislavlio vaivados, Paparčių palivarką, dvarą ir miestelį 1649 m. nupirko Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės iždininkas Stanislovas Beinartas ir viską užrašė dominikonams, kurie čia įkūrė vienuolyną, veikusį 1649-1864 metais. 1795 m. dominikonų vienuolyne buvo 46 vienuoliai, vienuolyno prieglaudoje - 12 gyventojų, vienuolyno prieglaudoje gyveno 85 tarnai, palivarke - 13 tarnų, miestelio 20 sodybų - 145 gyventojai. Paparčiuose taip pat buvo karčema, kurioje gyveno 4 žydai. 1853 m. Paparčių kaime buvo 18 sodybų ir 165 gyventojai katalikai, Paparčių palivarke - 1 sodyba ir 14 gyventojų, vienuolynui priklausančioje Paparčių dalyje - 11 sodybų ir 71 gyventojas (vienuolyno jurizdika).
1863 m. gegužę iš Paparčių valsčiaus valdybos sukilėliai paėmė 300 sidabro rublių, suplėšė mokesčių knygas ir kitus dokumentus. Sukilime dalyvavo 5 valstiečiai iš Paparčių. Su sukilėliais nuolatinį ryšį palaikė Paparčių valsčiaus viršaitis Morkūnas ir jo sūnus, o valsčiaus raštininkas Dimitrijus Bazanovas telkė savo namuose valstiečius, kuriuos paskui siųsdavo į sukilėlių būrį. Vykstant Lietuvos Nepriklausomybės kovoms, 1919 m. rugsėjo 8 naktį apie 20 lenkų kareivių užpuolė Paparčius, nužudė klebono tarnaitę Rozaliją Petkevičiūtę, apiplėšė ir primušė kunigą Jurgį Zimkų. 1897 m. kaime buvo 301 gyventojas ir 380 dešimtinių žemės, 1923 m. - 52 sodybos, 161 gyventojas. 1923 m. minimas ir Paparčių bažnytkaimis (1 sodyba ir 5 gyventojai). Paparčiai į vienkiemius išskirstyti 1926 m. 1927 m. paminėti dveji Paparčiai - bažnytkaimis (9 gyventojai katalikai) ir kaimas, kuriame gyveno 63 šeimos (269 gyventojai katalikai). Kaime labiausiai paplitusios Dzedulionio, Kinderevičiaus ir Čiulados pavardės. 1931 m. kaime buvo 65 sodybos ir 478,68 ha žemės; tais metais bažnytkaimis jau nebeminimas. 1937 m. Paparčių kaime gyveno 279 gyventojai katalikai. Taip pat būta ir kitatikių - 5 sentikių (19 asmenų) ir 1 pravoslavų šeima (7 asmenys). 1947 m. sausio 23 naktį Paparčių rinkimų apylinkėje buvo išdaužyti langai, suplėšyti plakatai ir rinkėjų sąrašai.
1941 m. birželio 14 d. suimti ir įkalinti 3 gyventojai, ištremti 9 gyventojai. 1946 m. žuvo 4 partizanai iš Paparčių. 1946-1949 m. įkalinti 9 gyventojai, tarp jų - du kunigai - P. Valatka ir P. Lydnugaris. 1948 m. ištremti 3 gyventojai. 1945 m. žuvo Paparčių apylinkės tarybos pirmininkas K. Perednis. 1947 m. Paparčiuose buvo 55 sodybos, 220 gyventojų, 1959 m. – 225 gyventojai, 2000 m. – 167 sodybos, 320 gyventojų.